Służba jako okręt Tuż przed wybuchem II wojny światowej, 28 sierpnia 1939, statek został zmobilizowany przez Marynarkę Wojenną, jako nieuzbrojony okręt-baza dla Oddziału Kutrów Trałowych – flotylli zmobilizowanych kutrów rybackich. Dowództwo objął por. mar. rez. Stanisław Kosko, a znaczna część załogi składała się z dotychczasowej załogi cywilnej. Na pokład zaokrętowano kilkudziesięciu rezerwistów i marynarzy ze Szkoły Specjalistów Morskich, mających stanowić załogi kutrów. Banderę wojenną pierwszy raz ORP "Gdynia" podniosła 1 września 1939. Okrętu nie zdążono przemalować i pozostał w pokojowym, białym, dobrze widocznym malowaniu. Tego dnia okręt przebywał w porcie na Oksywiu, gdzie przetrwał nalot niemiecki na portJ. Miciński, Księga..., s. 244-248.
ORP "Gdynia" został zatopiony przez niemieckie bombowce nurkujące Junkers Ju 87 Stuka z dywizjonu IV/LG.1Jürgen Rohwer, Chronik des Seekrieges 1939-1945 [dostęp 23-10-2010] 2 września 1939 około 11.30, zakotwiczony na Zatoce Puckiej w odległości ok. 2-3 mil morskich od Jastarni. Z około 100 osób przebywających na pokładzie, zginęło ok. 35-40, w tym dowódca, który zmarł w szpitalu. Pewna liczba strat nie jest znana z powodu utraty wraz ze statkiem dokumentacji odnośnie do liczby osób znajdujących się na pokładzie.