Kariera działacza Paul Ganzenhuber po odejściu z reprezentacji Austrii, w latach 1988–1999 był dyrektorem sportowym ds. skoków narciarskich w Austriackim Związku Narciarskim (ÖSV) oraz dyrektorem sportowym w szkole narciarskiej w Stams. Następnie w latach 2000–2009 był sędzią skoków narciarskich w Austrii, a w latach 2000–2005 był dyrektorem w szkole z internatem dla narciarzy w Stams. Od 1988 roku jest przewodniczącym komisji Międzynarodowej Federacji Narciarskiej (FIS) ds. Pucharu Świata oraz planowania kalendarza, a także od 1994 roku przewodniczącym komisji skoków narciarskich Międzynarodowej Federacji Sportu Uniwersyteckiego (FISU).
Od 2007 roku Ganzenhuber pracuje jako kierownik projektu rozwoju skoków narciarskich w Rumunii z ramienia OMV, gdzie odpowiada za rozwój skoków narciarskich w Rumunii, opracowanie sportowo-naukowego szkolenia trenerskiego w oparciu o międzynarodowe standardy w skokach narciarskich, współpracę z Uniwersytetem w Braszowie w zakresie badań naukowych nad techniką skoków narciarskich, tworzenie odpowiedniej infrastruktury (skocznie narciarskie, sale treningowe) według standardów międzynarodowych, rozwój szkoły narciarskiej w Stams, realizację zawodów międzynarodowych (w tym młodzieżowych).