Budowy kościoła nie rozpoczęto po otrzymaniu zezwolenia, ponieważ parafia nie posiadała na ten cel środków. Pieniądze na budowę przekazała głównie rodzina Rylskich, nafciarze polskiego pochodzenia, a także Witold Zglenicki, który w testamencie zapisał na ten cel 30 tysięcy rubli. Stefan Rylski w 1908 roku przekazał na rzecz parafii 100 tys. rubli. W 1912 roku zakończono budowę świątyni, która znajdowała się przy skrzyżowaniu ulic Merkuriewskiej i Kaspijskiej (obecnie Azerbejdżanu i Raszyda Bejbutowa). Ponieważ głównymi darczyńcami i parafianami świątyni byli w większości Polacy, kościół był nazywany „polskim”.
Po zajęciu Azerbejdżanu przez Armię Czerwoną w 1920 roku rozpoczęła się tam walka bolszewików z religią. Właścicielem majątku kościelnego stał się Bakiński Komitet Wykonawczy Robotników, Chłopów, Czerwonoarmistów i Marynarzy. Ksiądz Demurow starał się o odzyskanie kościoła lub chociaż o zgodę na jego dzierżawę. Gdy w 1922 roku powstała Zakaukaska Federacyjna Republika Radziecka, interweniował u przewodniczącego Centralnego Komitetu Zakaukaskiego. Nie przyniosło to efektu i w latach 1931–1934 kościół został rozebrany. Ksiądz Demurow w 1926 roku został mianowany zastępcą administratora apostolskiego Gruzji, a w 1937 roku rozstrzelany. W 1948 roku na miejscu świątyni wybudowano Pałac Kultury im. F.