Tuż przed wybuchem II wojny światowej powrócił do służby w III/6 dywizjonie myśliwskim, z którym został przebazowany w rejon Łodzi. Jednostka została przydzielona do Armii „Łódź”. 1 września wykonał trzy loty bojowe, 2 września został przeniesiony do Kłoniszewa gdzie wszedł w skład czterosamolotowej zasadzki. W locie bojowym, wspólnie z ppor. Edwardem Kramarskim, zestrzelił samolot rozpoznawczy Hs 126. Następnie włączył się do walki w rejonie Łodzi z samolotami z eskadry 1./ZG 76 oraz eskadry sztabowej Stab/ZG 76. Jego samolot został trafiony przez Messerschmitta Bf 110. Udało mu się wyskoczyć z płonącego samolotu i wylądować na polu koło wioski Bychlew, trafił do szpitala w Warszawie z poparzeniami III stopnia twarzy i obu dłoni. Ponadto miał rany lewej dłoni i lewego podudzia. Po wkroczeniu Niemców uciekł ze szpitala i pod przybranym nazwiskiem Jasiński kontynuował leczenie. Wymagało to przeprowadzenia kilkunastu operacji, rekonwalescencja została zakończona dopiero w 1943 r.
W 1940 r. podjął dwie nieudane próby przedostania się do Francji. Zgłosił się do działania w podziemnych strukturach – był żołnierzem Związku Walki Zbrojnej a następnie Armii Krajowa. W 1943 rozpoczął studia na Politechnice Lwowskiej.