We wczesnym średniowieczu pobliskie miasto, Maguelone, siedziba biskupstwa, było największą osadą w tym rejonie. Napady piratów prawdopodobnie zmusiły mieszkańców do przeniesienia się w głąb lądu, na miejsce obecnego Montpellier. Miasto nie ma więc, jako jedno z niewielu francuskich miast, korzeni sięgających czasów Rzymian. Montpellier stało się własnością królów Aragonii w wyniku małżeństwa Piotra II Aragońskiego z Marią z Montpellier. Po śmierci Jakuba I Zdobywcy w 1276 r. Montpellier przypadło w udziale jego młodszemu synowi Jakubowi jako część Królestwa Majorki. W 1349 r. Jakub III z Majorki sprzedał miasto królowi Francji Filipowi VI, za 120 tys. dukatów, aby pozyskać fundusze do walki z Piotrem IV Aragońskim. W XVI wieku miasto było silnym ośrodkiem protestantyzmu.
Montpellier, miasto o tradycjach uniwersyteckich (wydział medycyny, pierwszy we Francji, założono tu w 1221 r.), w ciągu ostatnich 60 lat przekształciło się w wielki ośrodek gospodarczy. Aglomeracja rozszerza się bardzo szybko: zespoły uniwersyteckie i instytuty badawcze mieszczą się na północy;