Po wojnie skazany przez amerykański Trybunał Wojenny na karę śmierci w procesie załogi KL Dachau i procesie załogi Buchenwald. Jednak wyroki te zostały najpierw zamienione na dożywocie, a następnie na 10 lat pozbawienia wolności. W 1952 roku Eisele został wypuszczony z amerykańskiego więzienia. Powrócił do zawodu medycznego, który praktykował w Monachium. Jego zbrodnie ponownie zostały ujawnione podczas procesu członka załogi Buchenwaldu Martina Sommera w 1958 roku. Eisele uciekł z RFN do Egiptu w czerwcu 1958 roku. Na żądanie Interpolu został aresztowany przez egipskie władze, jednocześnie poprosił o azyl. Władze egipskie udzieliły mu azylu w 1960 roku.
Bibliografia G.Kühn G., Weber W., Stärker als die Wölfe. Ein Bericht über die illegale militärische Organisation im ehemaligen Konzentrationslager Buchenwald und dem bewaffeneten Aufstand, Berlin 1984, s. 27, 28. Kautsky Benedikt, Teufel und Verdammte, Sieben Jahren in deutschen Konzentrationslager, Wiedeń 1961, s. 122. Ritscher B., Hermann A., Walter Krämer – ein Arzt für die Häftlinge, [w:] „Buchnewaldheft” Nr. 17, Weimar-Buchenwald 1983, s. 48, 50. Klee Ernst, Was się taten – Was się wurden. Ärzte, Juristen und andere Beteiligte am Kranken- oder Judenmord, Frankfurt nad Menem 1995, s. 72. Klee Ernst, Auschwitz. Medycyna III Rzeszy i jej ofiary, Kraków 2001, s.