Zawartość białek i wartość odżywcza pędów jałowca jest niewielka. Właściwości toksyczne zatrucia jałowcem u ludzi są rzadkie, ale zdarzają się w przypadku przedawkowania szyszkojagód lub preparatów z jałowca podczas leczenia, zażywanych w celach poronnych lub w przypadku dzieci zjadających szyszkojagody. Główne objawy toksyczne dotyczą nerek i dróg moczowych – są to bóle, krwiomocz, wielomocz i białkomocz. Nastąpić może przyśpieszenie czynności serca, oddechu i perystaltyki jelit. U ciężarnych wystąpić mogą kurcze macicy i krwawienia z niej, ale dość rzadko dochodzi do poronienia. Przy stosowaniu powierzchniowym olejek jałowca może spowodować dermatozy przejawiające się pieczeniem i zaczerwienieniem, pęcherzami i obrzękiem. W przypadku zwierząt jałowiec najsilniej toksycznie działa na konie i kozy. Powoduje stany zapalne przewodu pokarmowego, uszkadza nerki, czasem ośrodkowy układ nerwowy i wywołuje poronienia. Do zatruć dochodzi jednak rzadko.