Systematyka Pancernik nizinny opisany został przez Mondolfiego w 1968. Nazwa rodzajowa Dasypus pochodzi od greckiego dasy oznaczającego owłosiony i pus oznaczającego stopa. Oznacza więc owłosione stopy. Epitet gatunkowy sabanicola odnosi się do miejsca występowania zwierzęcia, wenezuelskich sawann stanów Apure i Guarico. Autor podał jako miejsce typowe Hato Macanillal, Distrito Achaguas del Estado Apure w Wenezueli. Nie wyróżnia się podgatunków. Istnieje natomiast pewna wątpliwość, czy pancernik nizinny nie należy do tego samego odrębnego gatunku, co jeden z podgatunków pancernika dziewięciopaskowego. Wskazują na to badania genetyczne opublikowane przez Arteagę i innych. Pomysł ten nie został jeszcze powszechnie zaakceptowany, nie zaproponowano też żadnej nowej nazwy dla postulowanego gatunku. Obecnie status gatunku pozostaje niejasny.
W przeszłości wszystkie współczesne pancernikowce zaliczano do rodziny pancernikowatych Dasypodidae. Jednakże kolejne badania wskazały odrębność rodzaju pancernik Dasypus, wobec czego pozostałe współczesne taksony wyodrębniono do nowej rodziny Chlamyphoridae, w Dasypodidae pozostawiając pojedynczy rodzaj pancernik ze zmienną liczbą gatunków.
Kladogram z pracy Feijó et al. z 2019 (uproszczono):