Wysyłano również pierwszych zakonników na misje. W latach 1612–1613 jezuici wybudowali (nieistniejący dziś) murowany kościół pw. św. Stanisława Biskupa i św. Stanisława Kostki. Zarówno szkoła, kościół i dom misyjny ucierpiały w pożarze miasta z 15 maja 1616 rokuA. Mariani, Inventoria rerum musicalium domum Societas Iesu in Polonia et Lituania tempore suppressioni, „Fontes Musicæ in Polonia”, seria A, vol. IV, Warszawa 2020, s. 47.. Dzięki pomocy finansowej hetmana Stanisława Żółkiewskiego szybko odbudowano szkołę, gmachy jezuickie i dach kościołaS. Załęski, Jezuici w Polsce, t. IV Dzieje 153 kolegiów i domów jezuitów w Polsce, cz. II Kolegia i domy założone w pierwszej dobie rządów Zygmunta III 1588–1608, Kraków 1905, s. 974..
thumb|Litografia przedstawiająca widok na Kamieniec Podolski z 1672 roku. Kompleks budynków jezuitów oznaczono literą M