Wznowienie działalności 22 września 1699 r. Turcy opuścili Kamieniec, a zastąpiło ich wojsko polskie pod dowództwem Marcina Kątskiego. Kilka tygodni wcześniej Szornel przybył do miasta i zaczął przygotowywać odbudowę kolegium. Proces ten był długotrwały, ponieważ wpierw odrestaurowano gmach kolegium i urządzono w nim tymczasową kaplicę. Dopiero około 1733 r. zaczęto odgruzowywać fundamenty kościoła rozebranego przez Turków, w celu wzniesienia na nich nowej świątyniJ. Kopczyński, Kamieniec Podolski, w: Miasta wielu religii. Topografia sakralna ziem wschodnich dawnej Rzeczypospolitej, red. M. Jakubowski, M. Sas, F. Walczyn, Warszawa 2016, s. 84–86.. Jednakże budowa kościoła postępowała – podobnie jak przed okupacją – powoli i z przerwami. Nie została ukończona z powodu kasaty zakonu w 1773 roku. Stary kościół z 1613 r. był wykorzystywany jako magazyn na zboże dla wojska.