Na dobroczynne i lecznicze działanie powietrza jaskiniowego składa się kilka wzajemnie wzmacniających się czynników: brak zanieczyszczeń (pyłki, bakterie, wirusy, kurz itp.), wysoka względna wilgotność powietrza (95–100%) i wysoka zawartość jonów wapnia w unoszącym się kondensacie oraz obecność w powietrzu zarodników szeregu pleśni, które działają jak antybiotyki.
Użytkowanie lecznicze jaskini rozpoczęto eksperymentalnie w 1959 r., najpierw przez wejście do Aggtelek, a od 1964 r. w łatwiej dostępnej Sali Sanatoryjnej przy sztucznym wejściu w Jósvafő. W tym czasie przyjmowano i leczono górników pracujących głównie w kopalniach węgla kamiennego. Bazując na doświadczeniach pierwszych lat, u pacjentów z astmą i przewlekłym zapaleniem oskrzeli, trwałą lub przejściową poprawę uzyskiwano w 87% przypadków. Obecnie w dalszym ciągu część jaskini wykorzystywana jest do speleoterapii, powietrze jaskini jest korzystne dla pacjentów z chorobami układu oddechowego i alergiami. Terapie prowadzi prywatna firma (Gyógybarlang Kft.). Jaskinia Béke jest zarejestrowaną jaskinią leczniczą.