Na przełomie lat 1999–2000 na samolotach odbyły się ostatnie loty szkolne, zaś 3 marca 2006 roku ostatecznie wycofano je z eksploatacji.

Konstrukcja Fuji T-1 zbudowano w klasycznym układzie konstrukcyjnym. Wzdłuż przedniej części kadłuba przechodzą dwa kanały prowadzące powietrze do silnika. W części kadłuba mieszczącej kabinę pilotów i wnękę przedniego podwozia kanał powietrzny rozdziela się na boki. W tylnej części kadłuba znajduje się silnik wraz z osprzętem. Fotele wyrzucane w układzie tandem. Fotel przedni zajmowany był przez ucznia, tylny przez instruktora. Opracowano dwa warianty produkcyjne, które różniły się od siebie silnikiem. Samolot był średniopłatem o skośnych skrzydłach.

Wersja T-1A napędzana była silnikiem Bristol Siddeley Orpheus Mk 805, który generował 17,8 kN ciągu. Wyprodukowano 40 egzemplarzy seryjnych, napędzanych jednostką Bristol. Wersja T-1B napędzana była przez słabszy, japoński silnik Ishikawajima-Harima J3-3, który generował ciąg 11,77 kN. Silnik Bristrol Orpheus okazał się zbyt mocny, dlatego wprowadzono słabszą jednostkę napędową.