W latach 2003–2004 kompleksowy projekt wzorniczy pojazdu wraz z dokumentacją wykonawczą został opracowany przez zespół pracowni Marad Design, który do współpracy przy projekcie wyglądu składu zaprosił Studio 1:1. Głównymi projektantami byli: Marek Adamczewski, Magdalena Berlińska i Jarosław Szymański, z którymi współpracowali: Jakub Gołębiewski, Mariusz Gorczyński, Agnieszka John, Tomasz Kozioróg, Emilia Lebiedź i Jacek Poćwiardowski. Opracowując wygląd składu inspirowano się zespołami trakcyjnymi produkowanymi do 1990. Powstały trzy propozycje czoła pojazdu, z których wybrana została jedna i przed rozpoczęciem produkcji właściwego pociągu, w pracowni wzorniczej gdańskiej ASP wykonano makietę docelowej ściany czołowej w skali 1:1.
28 czerwca 2004 został ukończony prototypowy pojazd typu 13WE i dwa dni później został on dostarczony do Warszawy. Po próbach układu jezdnego skład trafił do Grodziska Mazowieckiego na właściwe testy. Od 1 lipca do 25 sierpnia przeprowadzono jazdy próbne zespołu na trasie WKD, a 26 sierpnia Urząd Transportu Kolejowego wydał dla niego terminowe świadectwo dopuszczenia do eksploatacji. Następnego dnia miał miejsce przejazd jednostki dla dziennikarzy, natomiast 29 sierpnia w Grodzisku pociąg oznaczony jako EN95-01 został uroczyście przekazany do użytku.