W czasie tych zawirowań, na południu misję chrystianizacyjną prowadził ojciec Samuel Fritz. Założył on wiele wiosek misyjnych, a także redukcję San Joaqín de Omaguas. Głównym problemem, z którym się mierzył, były napady Portugalczyków, którzy uprowadzali Indian jako niewolników i pustoszyli wioski misyjne. Sam duchowny również został zaaresztowany przez Portugalczyków podczas swojej wizyty w Belén, gdzie chciał udać się do kolegium jezuickiego po poradę lekarską. Fritz obiecał sporządzenie mapy Amazonki w zamian za wolność. Liczył również, że dzięki temu załagodzi spory o granice i zapobiegnie napadom Portugalczyków. Samuel Fritz przedstawił sprawę również wicekrólowi Peru, który nie mógł mu jednak udzielić znaczącej pomocy.