Z tego właśnie kolegium wyruszały wyprawy, które na cel obrały sobie okoliczne osady oraz wioski indiańskie.

Pierwsze większe wyprawy misyjne poza terytorium Quito prowadził ojciec Rafael Ferrer. Jego praca misyjna stworzyła podwaliny pod późniejszy kształt działalności misyjnej w redukcjach w Maynas. Mierzył się on jednak z trudnościami, zarówno ze strony społeczności indiańskiej, jak i władz hiszpańskich, których interesy – szczególnie ze strony handlarzy oraz właścicieli ziemskich – nie szły w parze z działalnością Ferrera. Początki działalności misyjnej jezuitów w Maynas Indianie Maynas, od których wzięła się nazwa prowincji, przez lata bronili się przed kolonizacją, zabijając Hiszpanów i dewastując ich osady. Aby ostatecznie ich sobie podporządkować, w roku 1616 zorganizowano wyprawę pod dowództwem kapitana Luisa de Armas Betancourt. Zebrano grupę czterdziestu osób – dwudziestu żołnierzy oraz dwudziestu Indian z Santiago de las Montañas. Zgodnie z relacją kronikarza wyprawy, lokalni kacykowie przyjęli przybyszów serdecznie, poprosili także o misjonarzy, wyrażając gotowość przyjęcia wiary chrześcijańskiej. Po uzyskaniu tych informacji, kapitan Diego Vaca de Vega zwrócił się z prośbą do Francisco de Borja, który nosił wówczas tytuł wicekróla Peru, aby udzielił zgody na konkwistę na terytorium Maynas.