Podstawowe zasady Konwencji 1. Ochrona godności ludzkiej Konwencja w artykule 1 potwierdza ochronę godności i tożsamości wszystkich ludzi i gwarantuje każdemu człowiekowi – bez jakiejkolwiek dyskryminacji – poszanowanie jego integralności i praw przy używaniu biologii i medycyny.
2. Zasada prymatu osoby W biomedycynie, a zwłaszcza w badaniach naukowych z tej dziedziny, może zaistnieć konflikt pomiędzy interesami jednostki (indywidualnego człowieka) a interesami społeczeństwa jako ogółu. Konwencja wyżej stawia interes jednostki, proklamując zasadę prymatu osoby. Nie można więc prowadzić badań naukowych kosztem człowieka.
3. Zasada sprawiedliwego dostępu do ochrony zdrowia Zasada sprawiedliwego dostępu do ochrony zdrowia oznacza taki dostęp, jaki jest zgodny z medycznymi potrzebami określonej osoby. Ochrona zdrowia rozumiana jest tu szeroko, jako: zabiegi diagnostyczne, zapobiegawcze, lecznicze i rehabilitacyjne.
Zgoda osoby na interwencję medyczną Konwencja wymaga, aby każda interwencja medyczna w stan zdrowia osoby była poprzedzona wyrażeniem przez nią zgody. Taka osoba musi zostać wcześniej poinformowana o celu i naturze interwencji, a także o ryzyku, jakie ona może nieść ze sobą.