Mimo iż most Kierbedzia był pierwszym stałym mostem od czasów Zygmunta Augusta, ówczesna prasa nie wspominała o budowie i postępach prac. Prace rozpoczęto latem 1859, a ukończono w 1864. Wbijanie sosnowych pali w dno Wisły pod budowę drewnianego mostu tymczasowego rozpoczęto, od strony Pragi, 31 lipca 1859. Kamień węgielny pod budowę mostu wmurowano uroczyście w 1860. Głównym projektantem był Stanisław Kierbedź, który z udziałem Juliana Majewskiego nadzorował budowę przeprawy. Przy budowie pracował także Tadeusz Chrzanowski, który później samodzielnie zaprojektował most przy Cytadeli.
W pierwszej fazie budowy wzniesiono tymczasowy most drewniany, zbliżony konstrukcją i wyglądem do późniejszego stalowego. Składał się on z 12 przęseł o długości 39,5 metra. Były one oparte na dwóch filarach brzegowych i 11 rzecznych, chronionych izbicami. Podwyższone przęsło od strony Starego Miasta umożliwiało żeglugę statków na Wiśle w warunkach wysokiego poziomu wody. Później po północnej stronie mostu tymczasowego wykonano kesonowe fundamenty filarów. W kesonach pracowało po czterech robotników, zmieniając się co 6 godzin. Po zmontowaniu stalowej konstrukcji most drewniany został rozebrany. Jego relikty są widoczne w czasie niskiego stanu wody w Wiśle.