II wojna światowa i okres powojenny W okresie okupacji niemieckiej mostowi nadano niemiecką nazwę Stadtbrücke. 1 sierpnia 1944 powstańcy z batalionu „Bończa” podjęli nieudaną próbę opanowania mostu, którego broniły m.in. dwie kompanie Wehrmachtu stacjonujące w sąsiadującym z przeprawą domu Schichta przy ul. Nowy Zjazd 1. Poległo ok. 40 Polaków.
Most został wysadzony 13 września 1944 o 23.30 przez 2. Kompanię 654. Batalionu Pionierów Wehrmachtu (2. Kompanie der Pionier-Bataillon 654), dowodzoną przez oberleutnanta Karla Eymera, która wycofywała się na lewy brzeg Wisły przed Armią Radziecką oraz 1 Armią Wojska Polskiego. Całkowitemu zniszczeniu uległy wówczas nowe przęsła z 1916 roku, zaś przęsła skrajne wraz z filarami zostały poważniej uszkodzone. Po raz drugi Praga została odcięta od dostaw wody z lewego brzegu Wisły.
Dwa przęsła, które nie zostały zniszczone, rozebrano, wysadzając je w powietrze. Dział Zleceń Biura Odbudowy Stolicy przeprowadził przetarg na wydobycie z dna Wisły zniszczonej konstrukcji. W jego wyniku roboty powierzono Przedsiębiorstwu Państwowemu „Hydrotrust” z Katowic.