W następnej części gry gracz używa komputer do wykonywania różnych zadań związanych z utrzymaniem restauracji. W tym czasie animatroniki będą próbowały zaatakować gracza, lecz można je powstrzymać, świecąc latarką w otwory wentylacyjne lub używając dźwięku, aby odciągnąć animatroniki. Gracz może korzystać z sieci detektorów ruchu, aby śledzić ruchy animatroników, żeby zobaczyć gdzie się aktualnie znajdują. Gracz może modernizować sprzęt biurowy w celu zwiększenia wydajności i zmniejszenia poziomu hałasu. Gracz może również tymczasowo wyłączyć komputer lub przełączyć się na dodatkowy system wentylacji, który działa ciszej, ale nie jest tak skuteczny w obniżaniu temperatury pomieszczenia, w którym się znajduje. Zaakceptowane oferty sponsorskie sprawią, że reklamy będą odtwarzane losowo na komputerze, przyciągając animatroniki, aby móc zamknąć reklamę trzeba odczekać kilka sekund. Ta część gry kończy się po wykonaniu wszystkich zadań i wylogowaniu się z komputera.
Aby ukończyć grę, gracz musi przetrwać wszystkie dni i noce. Możliwych jest kilka różnych zakończeń, w zależności od różnych czynników takich jak na przykład stopień ulepszeń wprowadzonych w pizzerii, lub liczba pozwów wniesionych przeciwko restauracji przez klientów.