Po upadku insurekcji kościuszkowskiej zbiory Biblioteki zostały zrabowane przez Rosjan i wywiezione w okresie od grudnia 1794 do stycznia 1795 na rozkaz Katarzyny II do Petersburga, gdzie stały się w roku 1814 zrębem Cesarskiej Biblioteki Publicznej (obecna nazwa – Rosyjska Biblioteka Narodowa). Liczący 400 tysięcy tomów, 20 tysięcy rękopisów i 40 tysięcy rycin zbiór doznał uszczuplenia w czasie transportu do Petersburga. Na miejsce dotarło tylko 260 tysięcy woluminów, 11 tysięcy rękopisów i 24 500 rycin.
Po I wojnie światowej zbiory dawnej Biblioteki Załuskich zostały częściowo zwrócone w latach 1921–1934 na mocy traktatu ryskiego. Stopniowo włączane od 1928 do Biblioteki Narodowej, uległy w znacznej części zniszczeniu w 1944, podpalone przez wojska niemieckie.
Zbiory i ich znaczenie Zawiązek zbiorów stanowiły prywatne biblioteki Andrzeja Olszowskiego, Andrzeja Chryzostoma Załuskiego i Józefa Andrzeja Załuskiego, pomnożone przez jego braci: Marcina i Andrzeja Stanisława. W skład kolekcji Andrzeja weszły zbiory rodzinne oraz biblioteka Sobieskich, której najcenniejszą część stanowiły zbiory Żółkiewskich, składające się m.in. ze spuścizn po królach Zygmuncie Auguście i Stefanie Batorym.