W sezonie 1994/95 klub po raz drugi osiągnął najwyższą pozycję w historii występów na drugim poziomie - 5 miejsce w klasyfikacji końcowej B Grupy. Kilka rund przed końcem sezonu dokonano okrutnego odkrycia. Brakowało 15 000 000 BGN Stoczni Ruse. Firma została ogłoszona bankrutem, a prezes Penko Dimitrow aresztowany, więc drużyna musiała zakończyć sezon bez żadnych środków finansowych.
Po bankructwie Stoczni wybrano nowy zarząd klubu. Latem 1995 roku przywrócono historyczną nazwę klubu Łokomotiw, a w 1997 po raz kolejny spadł do trzeciej ligi.
Latem 2001 klub popadł w poważny kryzys finansowy, a udział zespołu w mistrzostwach 2001/02 stał pod znakiem zapytania. Konieczne było zjednoczenie się z innym przedstawicielem regionu Ruse w Północno-wschodniej W Grupie - Czikago Atletik (Trystenik). Pod nową nazwą Łokomotiw-Czikago zjednoczona drużyna zaprezentowała się bez zarzutu i bez żadnych problemów wywalczyła pierwsze miejsce oraz bezpośredni awans do B Grupy. W końcu okazało się, że agonia poprzedniego lata przedłużyła się o rok, bo 29 lipca 2002 roku zarząd ogłosił upadłość i rozwiązał klub.