Okres powojenny thumb|200px|Spotkanie byłych więźniów KL Stutthof z udziałem Alfonsa Wojewskiego W 1945 rozpoczął pracę w szpitalu w Wejherowie, jednocześnie uruchamiał zniszczone szpitale w Gdyni i Pucku. Następnie pracował w szpitalach w Pucku (1945) i Kwidzynie (1946–1949). W tym okresie, na podstawie pracy „Stan sanitarny i organizacja pracy lekarskiej w obozie koncentracyjnym Stutthof w latach 1943 do 1945”, uzyskał tytuł doktora medycyny. Jego promotorem był prof. Adam Wrzosek. W 1949, za działalność w „Gryfie Pomorskim” został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa na ponad rok i poddany śledztwu. Dzięki interwencji adwokata udało mu się ocalić życie. W 1950 rozpoczął karierę naukową na Akademii Medycznej w Gdańsku. Od 1950 pracował w I Klinice Chirurgicznej, a od 1953 w III Oddziale Chirurgicznym, u boku Zdzisława Kieturakisa. W tym okresie uzyskał tytuły specjalisty w dziedzinach: chirurgii (1953) i urologii (1954).