Następnie uczestniczył w planowaniu operacji przeciw Pekinowi podczas II wojny opiumowej, po zakończeniu której ustanowił w Pekinie ambasadę francuską.
W latach 1861–1863 przebywał w Pekinie jako chargé d’affaires rządu francuskiego. W tym czasie również doprowadził do zawarcia traktatu handlowego między Chinami a Portugalią, za co został odznaczony orderem „Wieży i Miecza”. Był także kawalerem Legia Honorowa i odznaczeń papieskich.
W 1871 objął katedrę profesora języka chińskiego w École nationale des langues orientales vivantes, którą prowadził do 1883.
Życie prywatne Żonaty był z amerykanką Euphemią Tudor, dziedziczką fortuny „króla lodu” Frederica Tudora, z którą miał czworo dzieci: Euphemię Alice (ur. 1863), Eleonorę Delię (ur. 1865), Frederica (ur. 1871) i Yvonne Jeanne (1880).
Michał Kleczkowski był kuzynem Cypriana Kamila Norwida, z którym się znał i spotykał. Wspierał go również finansowo (łącznie 12 lat), m.in. opłacał pobyt poety w Domu św. Kazimierza.