Po scaleniu NOW z AK, był współorganizatorem rozłamu w SN i NOW oraz utworzenia Armii Narodowej i wejścia do NSZ. Został wówczas członkiem Wojennego Zarządu Głównego SN. Jednocześnie dalej był redaktorem "Wielkiej Polski", którą przejęli rozłamowcy. Wkrótce objął funkcję zastępcy szefa Służby Oświatowo-Wychowawczej KG NSZ, a od września 1943 został jej szefem. Po scaleniu NSZ z AK w marcu 1944, pracował w pionie politycznym SN. Podczas powstania warszawskiego przebywał w Milanówku pod Warszawą, gdzie organizował pomoc dla rannych. Po kapitulacji powstańców, był jednym z inicjatorów utworzenia Narodowego Zjednoczenia Wojskowego. Objął funkcję szefa propagandy w KG NZW. W kwietniu 1945 został aresztowany przez UB i osadzony w obozie w Rembertowie. Należał do grupy, która przygotowywała akcję rozbicia obozu od wewnątrz przy pomocy oddziałów partyzanckich. Akcja odbyła się 29 maja 1945. Witold Borowski odzyskał wolność, ale tylko na krótko. Zginął 2 czerwca w trakcie obławy UB i NKWD w Antoninie koło Mińska Mazowieckiego. Został pochowany na cmentarzu w Jakubowie. Żona Witolda Borowskiego, Natalia, w NSZ pełniła funkcję komendanta Pomocniczej Służby Kobiet (PSK) Dzielnicy 1 - Południowej (Mokotów)w Warszawie.