Kuncewicz miał po swojej stronie poparcie władz świeckich i korzystał z ich pomocy przy szerzeniu unii. Jego działania, zwłaszcza po 1621, zaczęły jednak budzić kontrowersje w sejmie i na dworze królewskim. 12 marca 1622 Lew Sapieha, pisząc do Kuncewicza, oskarżył go o niechrześcijańską postawę w stosunku do dyzunitów, posługiwanie się gwałtem i rozbojem, co jego zdaniem mogło mieć negatywne konsekwencje dla państwa. Zarzucił mu, że poprzez siłowe zamykanie cerkwi prawosławnych i przemoc wobec nieunitów nie tylko nie zdobywał nowych wiernych, ale i zniechęcał osoby popierające wcześniej unię, zaostrzał konflikty wewnętrzne w kraju. W 1623 prawosławna szlachta białoruska i ukraińska skierowała do króla list, w którym zawarto skargę na postępowanie Jozafata Kuncewicza wobec dyzunitów. Oskarżono go m.in. o niszczenie prawosławnych cmentarzy i bezczeszczenie szczątków zmarłych. W tym samym roku w Witebsku hierarcha zmusił prawosławne duchowieństwo do przekazania unitom swoich cerkwi i kaplic, zaś wiernych – do przyjęcia unii.
Śmierć thumb|Męczeństwo Jozafata Kuncewicza, obraz pędzla Józefa Simmlera