Zdzitowiecki przez kilka miesięcy ukrywał w swoim mieszkaniu dziennikarkę i pisarkę żydowskiego pochodzenia, Jadwigę Migową, oraz męża swojej gosposi, również Żyda.
Zdzitowiecki, szantażowany przez dyrektora jawnych teatrów Stanisława Heinricha ujawnieniem antyniemieckiej wypowiedzi z 1939, zgodził się objąć pracę w jawnych teatrach. Od 14 września 1941 r. do 2 czerwca 1944 r. pracował jako kierownik artystyczny, reżyser, aktor i komediopisarz w teatrze Maska. Za tę działalność 13 maja 1944 r. wyrokiem Kierownictwa Walki Podziemnej został ukarany publicznym ogoleniem głowy.
Po wojnie Zdzitowiecki procesował się o swoje dobre imię przed sądami i komisjami Związku Artystów Scen Polskich. 25 lutego 1945 r. został skreślony z listy członków ZASP, od którego to wyroku reżyser się odwołał. W jego obronie stanęło liczne grono artystów, którym pomagał w czasie okupacji. 7 grudnia 1947 r. został przywrócony do praw członka ZASP, z "surową" naganą.
Pod koniec lat 40. i w latach 50. Zdzitowiecki reżyserował jeszcze m.in. w Warszawie, Łodzi i Gliwicach, ale nie