W 2001 w USA ukończył kurs oficera wojsk powietrznodesantowych, w tym kurs skoczka spadochronowego, kurs Pathfinder oraz kurs Ranger.
Przebieg służby Maciej Klisz rozpoczął studia w 1991 w Wyższej Szkole Oficerskiej Wojsk Zmechanizowanych we Wrocławiu, które ukończył w 1995 i został mianowany na pierwszy stopień oficerski – podporucznika. Zawodową służbę wojskową rozpoczął na stanowisku dowódcy plutonu szturmowego w 6 Brygadzie Desantowo-Szturmowej w Krakowie. W latach 1996–1997 dwukrotnie pełnił służbę w 16 bpd na stanowisku dowódcy plutonu szturmowego w Polskim Kontyngentcie Wojskowym w Bośni i Hercegowinie w ramach sił NATO IFOR. W 1998 był jako oficer-tłumacz w składzie 18 bdsz będącego w odwodzie strategicznym SFOR.
W latach 1999–2000 pełnił służbę w 6 bdsz na stanowisku dowódcy kompanii szturmowej w PKW Bośni i Hercegowinie w ramach sił NATO SFOR z wydzielonym komponentem Sił Zbrojnych RP z 6 BDSz. W sumie w operacjach wojskowych na Bałkanach pełnił służbę przez okres 25 miesięcy. W 2005 ukończył studia w Akademii Obrony Narodowej, a w 2006 po ukończeniu podyplomowych studiów operacyjno-taktycznych został skierowany do Szefostwa Działań Specjalnych Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, gdzie objął stanowisko oficera operacyjnego. Następnie jako pierwszy polski oficer służył na poziomie operacyjnym jako doradca ds.