W 1990 był wśród założycieli Socjaldemokracji Rzeczypospolitej Polskiej. Wszedł w skład prezydium rady naczelnej partii. W 1999 przystąpił do Sojuszu Lewicy Demokratycznej. Sprawował mandat posła w latach 1989–2005 X, I, II, III i IV kadencji. W latach 1994–1997 zajmował stanowisko sekretarza stanu w Ministerstwie Spraw Wewnętrznych i Administracji. W lipcu 1997 kierował rządowym sztabem do walki z „powodzią tysiąclecia”. Od 19 października 2001 do 6 października 2003 ponownie pełnił urząd sekretarza stanu w MSWiA. W 2005 wycofał się z działalności politycznej.

Afera starachowicka 24 stycznia 2005 Sąd Okręgowy w Kielcach skazał go na karę 3,5 roku pozbawienia wolności oraz orzekł pięcioletni zakaz sprawowania funkcji administracyjnych wymagających dostępu do materiałów tajnych za przekazanie tajnych informacji o planowanej akcji policji politykom powiązanym z działaczami samorządowymi ze Starachowic, podejrzewanymi o współpracę ze zorganizowaną przestępczością (tzw. afera starachowicka). 16 listopada 2005 Sąd Apelacyjny w Krakowie utrzymał w mocy ten wyrok. 28 listopada 2005 prezydent Aleksander Kwaśniewski wszczął na wniosek Zbigniewa Sobotki procedurę jego ułaskawienia, co wywołało kontrowersje i sprzeciw partii zasiadających w Sejmie, oprócz SLD.