Uszkodzenia mostów, jakich doznały one w czasie oblężenia miasta pod koniec II wojny światowej zostały krótko po wojnie prowizorycznie naprawione przy pomocy drewnianych belek. Późniejszy remont w 1956, podczas którego odbudowano stalowe pomosty i wzmocniono dźwigary, nadał im współczesny układ jezdni, która po dalszych latach została w ramach kolejnego remontu zmodernizowana w 1990; dokonano wówczas także rekonstrukcji żeliwnych barier oraz kamiennych ozdób. W 1997, w czasie powodzi tysiąclecia, Mosty Młyńskie były poważnie zagrożone w związku z faktem, iż spiętrzony nurt rzeki, niosący w dodatku prócz wszelkiego porwanego śmiecia także potężne pnie drzew, nie mieścił się w rynnach Młyna Maria i stworzył niebezpieczeństwo zawalenia się całego budynku do rzeki pod naporem wody i niesionych z jej nurtem przedmiotów. Zawalenie się budynków poskutkowałoby natychmiastowym jeszcze większym spiętrzeniem wód rzeki, które mogłoby spowodować – wskutek efektu domino – zniesienie tak Mostów Młyńskich, jak i Mostu Piaskowego i być może kilku innych. Taki całkiem realny scenariusz spowodowałby jeszcze bardziej katastrofalne w skutkach zalanie nie tylko tych połaci miasta, jak to miało w rzeczywistości miejsce, ale również najcenniejszych historycznych dzielnic Śródmieścia i Starego Miasta, wraz z Rynkiem i okolicami.