1937 „Starachowice”.
W okresie okupacji niemieckiej dworzec funkcjonował pod nazwą Warszawa Gdańska.
W czasie likwidacji getta warszawskiego w latach 1942−1943 z terenu stacji towarowej, z zachodniej bocznicy znajdującej się przy tzw. Umschlagplatzu, Niemcy wywozili Żydów do obozu zagłady w Treblince oraz obozów pracy w dystrykcie lubelskim.
Podczas powstania warszawskiego na terenach wokół dworca toczyły się ciężkie walki. Oddziały Obwodu Żoliborz usiłowały dwukrotnie (nocami 19/20 i 21/22 sierpnia 1944 roku) przebić się w kierunku Starówki, jednak nie udało im się to z powodu dużych strat – obrona niemiecka (wspomagana m.in. przez pociąg pancerny) okazała się zbyt silna.
Drewniane pawilony dworca zostały spalone przez Niemców pod koniec okupacji.
Po 1945 W 1945 dworzec umieszczono w tymczasowym drewnianym baraku. W lipcu 1946 zakończono odbudowę znajdującego się obok dworca wiaduktu łączącego śródmieście z Żoliborzem. Nowy i – jak na owe czasy – nowoczesny budynek dworca według projektu Stanisława Kallera powstał w latach 1958–1959;