W tym samym 1975 roku planowano przebudowę dworca, jednak ostatecznie jej zaniechano i prowadzono jedynie remonty (np. w 1984 roku wyremontowano sklep Warsu). W styczniu 1987 roku przy bardzo niskiej temperaturze (-25°C) w sklepie z pamiątkami wybuchł pożar, który zaczął się rozprzestrzeniać. Przed płomieniami uratowano halę operacyjną. Przez kilkanaście miesięcy nie podjęto prac przy odbudowie; dopiero w 1988 roku zaczęto przygotowywać dokumentację robót z planem zakończenia inwestycji w ciągu trzech lat. Autorem projektu przebudowy stacji był Wacław Nowiński. W związku z napotkanymi trudnościami planowany termin przebudowy dworca został przekroczony i najprawdopodobniej inwestycję zakończono w 1993 roku.
Wraz z końcem lat 80., pogarszającym się stanem warszawskiego odcinka linii kolejowej nr 9 i zwiększeniem dostępności transportu indywidualnego, ruch podmiejski na stacji malał. Brak nakładów inwestycyjnych powodował naturalną degradację stacji. Pierwsze zmiany jakościowe nastąpiły w 2003. Na I linii metra warszawskiego otwarto stację Dworzec Gdański.