Dworzec był też zupełnie nieprzyjazny dla niepełnosprawnych. Źle oceniono estetykę dworca, toalety, poczekalnie i przechowalnie bagażu, stosunkowo dobrze – dostępność usług i połączenia komunikacyjne z miastem.
Również Najwyższa Izba Kontroli w październiku 2008 r. po kontroli przeprowadzonej na 223 dworcach kolejowych w Polsce stwierdziła, że Dworzec Wschodni był wówczas jednym z najgorszych pod względem stanu technicznego. Uznano, że był niedostosowany do obsługi osób niepełnosprawnych (bariery architektoniczne, zbyt wysokie pulpity kasowe, mało miejsca w toaletach) oraz że PKP nie zapewniały tu pasażerom wystarczającego bezpieczeństwa i pozwalały na stałe przebywanie na dworcu osób bezdomnych (w raporcie NIK znalazły się nawet zdjęcia kloszardów). Nie utrzymywały też czystości w budynku dworca (w holu stale żerowały gołębie) i terenach przyległych, a nawet stwarzały zagrożenie sanitarne (wskutek zamykania toalet)https://web.archive.org/web/20081027110330/http://bip.nik.gov.pl/pl/bip/wyniki_kontroli_wstep/inform2007/p_07_070_200810230815021224742502/px_remote_kkt_p_07_070_200810230815021224742502_01.