Według amerykańskiego teriologa Roberta Vossa, katalog Tate’a nie zawiera wpisu o odłowie okazu z rodzaju Didelphis z Cumanacoa i Voss nie był w stanie odnaleźć w kolekcji AMNH żadnego dydelfa andyjskiego z tego miejsca.
Didelphis pernigra należy do grupy gatunkowej albiventris. Wcześniej zaliczany do D. albiventris, ale jego status gatunkowy potwierdzają analizy genetyczne i morfometryczne. Bernardo Lemos i Rui Cerqueira w 2002 roku wykazali, że istnieje ostra nieciągłość między parapatrycznymi D. albiventris i D. pernigra w Boliwii, co sugeruje ograniczony lub żaden przepływ genów między nimi. Autorzy Illustrated Checklist of the Mammals of the World uznają ten takson za gatunek monotypowy.
Fragment kladogramu za Dias & Perini, 2018:
Etymologia Didelphis: - di- „podwójny”, od δις dis „dwukrotny”, od δυο duo „dwa”; δελφύς delphys „łono, macica”. pernigra: „bardzo czarny”, od per- „bardzo”;