Fauna thumb|left|Gnu pręgowane i nosorożec czarny nad Etoszą thumb|left|Słonie nad solniskiem Etosza Ekstremalne temperatury (sięgające 45 °C latem i 0 °C zimą), gwałtowne wiatry, uboga roślinność i – o ile obecna – słona woda czynią teren samego solniska Etosza nieodpowiednim siedliskiem dla większości zwierząt. Zamieszkują je zwierzęta przystosowane do długich okresów suszy i szybkiego reagowania na opady deszczu, głównie skorupiaki, które dominują w tym środowisku ze względu na krótkie cykle życia i odporne na wysychanie jaja. Dominującym gatunkiem jest słonaczek. Jedynym dużym zwierzęciem zamieszkującym teren solniska jest struś. Ptaki te gniazdują na solnisku, ponieważ zapewnia im ono ochronę. Na obrzeżach solniska obecne są afrowiórki pręgowane oraz endemit tego miejsca Agama etoshae. Jest to jaszczurka długości 14 cm, która żywi się chrząszczami i termitami obecnymi w piaszczystej glebie wokół solniska. Ponadto z jeziorem solnym związanych jest przynajmniej sześć gatunków gadów oraz sześć gatunków ropuch i żab.