Położenie Ekoregion Słonorośla Makgadikgadi obejmuje jeden z największych na świecie, zajmujący ponad 12 000 km², kompleks solnisk, położony w północno-wschodniej części Botswany, na południowy wschód od delty Okawango. Składa się z dwóch głównych solnisk: Ntwetwe (o wymiarach 106×96 km) i Sua (112×72 km), które otoczone są kilkoma mniejszymi solniskami, z których największe to Nxai, Kgama-Kgama, Nkokwane i Ntsokotsa. Ekoregion obejmuje też zbiorowiska halofitów na mokradłach słonych szeroko rozpowszechnionych w dolinie rzeki Changane w południowym Mozambiku.
Charakterystyka Kompleks Makgadikgadi znajduje się w niecce, w której niegdyś znajdowało się ogromne jezioro Makgadikgadi, które obejmowało większą część północnej Botswany, osiągając w swoim największym zasięgu powierzchnię 120 000 km² i 50 metrów głębokości. Jezioro zasilały rzeki Zambezi, Okawango i Kuando. Powstawanie uskoków na południowym krańcu Wielkich Rowów Afrykańskich odwróciło bieg tych rzek, powodując powolne wysychanie jeziora. W miarę parowania jego wód sole koncentrowały się na dawnym dnie, ostatecznie pozostawiając płaskie, nasycone solą, gliniane solniska. Jezioro było najgłębsze w rejonie Ntwetwe i Sua i tam najdłużej utrzymywały się zbiorniki, a współcześnie są to miejsca najbardziej zasolone.