Jednocześnie okrętowi cieśle zbudowali na rufie prowizoryczny szafot, który miał posłużyć jako miejsce egzekucji. Aby upewnić się, że ofiary do samego końca nie będą świadome przeznaczenia tej konstrukcji, na rufie rozpostarto białą płachtę, tworząc w ten sposób swoistą kurtynę. Wokół szafotu wyłożono słomiane maty, które miały wsiąkać krew i ułatwić późniejsze czyszczenie pokładu.
Egzekucja została drobiazgowo zaplanowana. Ofiary pojedynczo wywoływano na mostek, gdzie za pośrednictwem tłumacza pytano je o nazwisko, wiek i narodowość, starając się stworzyć wrażenie, że celem jest wyłącznie rutynowa weryfikacja tożsamości. Następnie dwóch marynarzy odprowadzało ofiarę na rufę. Po drodze, na wysokości śródokręcia, zawiązywano jej oczy opaską. Po dotarciu na szafot, ofierze przywiązywano liny do obu nadgarstków, a następnie podciągano ją do góry, sprawiając, że wisiała z rękoma uniesionymi nad głową, w pozie przypominającej ukrzyżowanie. Gdy znalazła się na odpowiedniej wysokości czteroosobowy pluton egzekucyjny, którym dowodził ppor. Takeo Terada, otwierał ogień z lekkiego karabinu maszynowego i karabinów. W momencie gdy rozpoczynała się egzekucja, niszczyciel przyspieszał do 24 węzłów, dzięki czemu krzyki i odgłosy strzałów były zagłuszane przez pracujący na wysokich obrotach silnik oraz podmuchy powietrza.