Fabuła Główną bohaterką serii jest Yotsuba Koiwai, pięcioletnia dziewczynka, która jest energiczna, wesoła, ciekawska i dziwna – tak bardzo, że nawet jej własny ojciec nazywa ją niezwykłą. Początkowo nie ma pojęcia o wielu rzeczach, o których dziecko w jej wieku powinno wiedzieć – między innymi o dzwonkach do drzwi, ruchomych schodach, klimatyzatorach, a nawet huśtawkach na placu zabaw. Ta naiwność stanowi trzon humorystycznych historii, opowiadających o poznawaniu przez nią otaczającego świata.
Na początku serii Yotsuba i jej przybrany ojciec, Yousuke Koiwai, przeprowadzają się do nowego miasta. Pomaga im w tym najlepszy przyjaciel Yousuke, imponująco wysoki mężczyzna nazwiskiem Takashi Takeda, zwany Jumbo. Yotsuba szybko zaprzyjaźnia się z trzema córkami sąsiadującej rodziny Ayase: Asagi, Fuuką i Eną. Inne postacie, które często pojawiają się w serii, to przyjaciółka Asagi, Torako (znana jako Tygrys; kanji tora 虎 w jej imieniu oznacza tygrysa) oraz Yanda, znajomy Koiwaia, przez Yotsubę uważany za śmiertelnego wroga.