Istnienie miejscowości odnotowano w 1490 r. W 1581 roku należała do dóbr księcia Konstantego Ostrogskiego. W 1595 roku wieś Krzyszowice położona w powiecie proszowskim województwa krakowskiego była własnością wojewody kijowskiego Konstantego Wasyla OstrogskiegoWojewództwo krakowskie w drugiej połowie XVI wieku ; Cz. 2, Komentarz, indeksy, Warszawa 2008, s. 109.. Miejscowość została wspomniana w liście Jana III Sobieskiego do żony Marii Kazimiery d’Arquien zwanej "Marysieńką" z 14 października 1666 r.

Po I rozbiorze Polski miejscowość znalazła się w granicach zaboru austriackiego, a po Kongresie Wiedeńskim z 1815 r. znalazła się w zaborze rosyjskim.

W XIX w. był to ważny regionalny ośrodek gospodarczy (cegielnia, od 1871 gorzelnia). W 1853 roku majątek skrzeszowicki kupił od hrabiego Stanisława Tarnowskiego inżynier górnictwa Edward Kleszczyński, przekazując go swojemu synowi BogusławowiZespół dworski w Skrzeszowicach.

W 1908 w Skrzeszowicach urodził się ks. prof. Bolesław Przybyszewski, a w 1911 r. powstała Ochotnicza Straż Pożarna.

W latach 1918–1939 jedno z centrów chłopskiego ruchu spółdzielczego.