Do 2006 roku z tego okresu zachowała się drewniana XIX wieczna klatka schodowa z balustradą w formie kratownicy.
W 2000 roku został przeprowadzony kolejny remont budynku i jego adaptacja według projektu Andrzeja Kamińskiego. W 2006 roku podwyższono i przedłużono dawny garaż przylegający od strony północnej do skrzydła szpitala.
Obecnie (2022) budynek plebanii składa się z dwóch części: wyższej południowej, przylegającej szczytem do pl. Nankiera, oraz północnej, będącej reliktem dawnego budynku szpitalnego. Wschodnia ściana budynku stanowi część skrzydła i jest lekko zakrzywiona zgodnie z łukiem Zaułka Ossolińskich. Bezpośrednio do północno-zachodniego narożnika budynku gospodarczego przylega ściana, wtórnie odgradzająca podwórze usytuowane między dawnym klasztorem i szpitalem. Do 2002 roku wejście do budynku było od strony wschodniej; od strony północnej przylega do budynku część gospodarcza z wjazdem garażowym i wejściem od strony zachodniej. Ściana zamykająca podwórze od strony północnej ma osobne drzwi wejściowe – kute, żelazne, z rombowo ukształtowaną taśmą nitowaną i antabą renesansową. W latach 2005–2006 wykonano remont i adaptację północnej części budynku dla potrzeb Zakładu Narodowego imienia Ossolińskich.