Jeszcze kulejąc, potajemnie opuścił dom rodzinny 16 maja 2005 roku.
Zatroskana rodzina rozpoczęła poszukiwania i wkrótce go odnaleziono w okolicznym jarze, jednak odmówił powrotu. Chłopiec pogrążony był w głębokiej medytacji, kiedy zaniepokojeni krewni dotarli do niego ponownie. Z relacji wynika, że jego ciało stawało się wtedy gorące w dotyku. Chłopiec prosił, aby go nie dotykać, gdyż grozi to poważnymi komplikacjami i wydłuży medytację z 6 do 20 lat. Wkrótce Palden Dordże wyruszył w poszukiwaniu spokojnego miejsca do medytacji i zatrzymał się w pobliskim lesie pod drzewem figowym. Po pewnym czasie zaczęli się schodzić ciekawscy ludzie i niektórzy z nich zakłócili jego medytację. Chłopiec zmuszony był szukać nowego miejsca, znów wybrał podobne drzewo w innym miejscu. Mieszkańcy wsi zbudowali dla niego ogrodzenie i zaczęli pilnować, by nikt nie zakłócał jego praktyki. W 75 dniu medytacji Palden Dordże kazał się do siebie zwracać: Om Namo Guru Budda Gyani (pol. Pokłon Mistrzowi, który poznał Buddę). Od tego czasu zaczęły się dziać wokół chłopca niewytłumaczalne zjawiska, które niektórzy uznają za nadnaturalne moce sidhi.