Po tym wydarzeniu zlikwidowano wszystkie szpitale w getcie, a Caspari dzięki inicjatywie przełożonego Starszeństwa Żydów, Chaima Rumkowskiego, podjął pracę w urzędzie statystycznym, gdzie dokumentował liczbę i przyczynę zgonów oraz przydziały żywności ze względu na jej kaloryczność i zawartość witamin. Deportacja żony miała negatywny wpływ na zdrowie psychiczne Caspariego. Po likwidacji talonów żywnościowych przez Niemców, Caspari podupadł na zdrowiu, ostatecznie umierając 21 stycznia 1944 na pogrypowe zapalenie płuc.
Wilhelm Caspari został pochowany na Nowym Cmentarzu Żydowskim przy ul. Brackiej w Łodzi (str. L, kw. P-IV, nr grobu 155).
Życie prywatne Żoną Caspariego była Gertruda z domu Gerschel (1884–1942) – córka prawnika – Hugo Gerschela. Małżeństwo miało czworo dzieci: Ernsta Wolfganga (1909–1988), Friedricha (ur. 1911), Irene (1915–1976), Maxa Eduarda (1923–2001). Rodzina Casparich mieszkała do 1941 we Frankfurcie przy Bockenheimer Landstraße 99. mały|Kamień pamięci Wilhelma Caspariego przy Paul-Ehrlich-Straße 42 We Frankfurcie
Upamiętnienie 23 czerwca 2014 r.