Bohater konfrontuje się jednak z wujem Sulejmana – księciem , który ujawnia się jako prawdziwy Wielki Mistrz Templariuszy i grozi skrzywdzeniem Sofii, jeśli Ezio nie odda mu pieczęci. Po powrocie do Konstantynopola bohater odkrywa, że Ahmed zabił Yusufa i porwał Sofię, po czym zbiera osmańskich asasynów, aby z nim walczyć. Ezio oddaje pieczęcie, aby uratować Sofię, po czym ściga Ahmeda i odzyskuje je. Powracający sułtan Selim I zabija brata oraz dziękuje protagoniście za ocalenie jego syna i kraju, ale jednocześnie rozkazuje mu opuści Imperium Osmańskie. Ezio podróżuje razem z Sofią do Masjafu i otwiera bibliotekę, gdzie znajduje szczątki Altaïra oraz dowiaduje się, że celem biblioteki było przekazanie wiadomości wspólnemu potomkowi Ezio i Altaïra, Desmondowi Milesowi, za pośrednictwem innego Jabłka Edenu. Starzejący się bohater stwierdza, że widział zbyt wiele przemocy i zagadek jak na jedno życie, i zostawia Jabłko w miejscu znalezienia. Odchodzi także z Bractwa Asasynów, pokładając wiarę w Desmondzie, że odniesie sukces tam, gdzie Ezio i Altaïr nie mogli.