1 lutego papież odprawił mszę świętą na lotnisku Ndolo, po której odbyła się modlitwa Anioł Pański. Popołudniowa część programu objęła spotkania w Nuncjaturze Apostolskiej: najpierw z ofiarami przemocy ze wschodniej części kraju, a następnie z przedstawicielami organizacji charytatywnych. Kolejnego dnia Franciszek spotkał się z młodzieżą i katechistami na Stadionie Męczenników oraz z duchowieństwem w katedrze Notre Dame du Congo. Dzień zwieńczyły prywatne rozmowy z członkami Towarzystwa Jezusowego. Ostatnim punktem pobytu w Kongu, 3 lutego, było spotkanie z krajowym episkopatem, po którym odbyła się ceremonia pożegnalna.
Sudan Południowy (3–5 lutego) 3 lutego papież przybył do Dżuby, gdzie wizyta miała charakter ekumeniczny i odbywała się wspólnie z arcybiskupem Canterbury oraz moderatorem Zgromadzenia Ogólnego Kościoła Szkocji. Po ceremonii powitalnej Franciszek spotkał się z prezydentem i wiceprezydentami Sudanu Południowego, a następnie wygłosił przemówienie do władz i korpusu dyplomatycznego.