23 grudnia 1859 roku Johann Saage obchodził 50-lecie pracy jako organista w katedrze fromborskiej. Przy tej okazji otrzymał odznaczenie państwowe – Order Orła Czerwonego IV klasy. Gdy 28 sierpnia 1868 roku obchodził 50-lecie pracy jako urzędnik kurii biskupiej, odznaczony został Orderem Orła Czerwonego III klasy. W tym dniu zakończył pracę jako pracownik kurii i przeszedł na emeryturę. Zachowano przy tym pełną jego pensję oraz dożywotnie prawo do mieszkania. W grudniu tegoż roku również odszedł na emeryturę z zawodu organisty. Niedługo cieszył się zasłużonym odpoczynkiem, gdyż już w lipcu roku następnego zmarł.
Bardzo owocna była jego działalność jako historyka i archiwisty. W 1841 roku archiwum biskupie przeniesione zostało do Fromborka z Lidzbarka WarmińskiegoAndrzej Kopiczko Losy Archiwum Archidiecezji Warmińskiej uwarunkowane dwoma totalitaryzmami, Echa Przeszłości XX/2, 2019. Wymagało to ogromnej pracy przy porządkowaniu i skatalogowaniu od nowa księgozbioru. Johann Saage podjął się tej tytanicznej pracy wraz z wikariuszem Carlem Woelkym, poświęcając na to swój wolny czas. Przez to zainteresowania Johanna Saage skierowały się w stronę historii. W tej dziedzinie, jak i w innych w czasach swojej młodości, też pozostawał samoukiem. Artykułów historycznych opublikował zaledwie parę.