Popowscy w trakcie powstania warszawskiego po opanowaniu Ochoty przez oddziały RONA trafili do obozu przejściowego na Zieleniaku w Warszawie, następnie do obozu przejściowego w Pruszkowie, skąd przewieziono ich do obozu pracy w kamieniołomach we Friedlandzie (obecnie Mieroszowie), będącego filią KL Gross-Rosen. Popowski uciekł z obozu. W czerwcu 1945 powrócił do Warszawy, gdzie podjął się ponownie pracy w Klinice Chorób Dzieci. Następnie przeniósł się do Łodzi, gdzie 14 lutego 1946 uzyskał nominację na profesora na Wydziale Lekarskim Uniwersytetu Łódzkiego oraz został kierownikiem Katedry i Kliniki Chorób Dzieci Uniwersytetu Łódzkiego i współorganizatorem Wydziału Lekarskiego.
Był prezesem Naukowego Towarzystwa Lekarskiego w Łodzi i członkiem Łódzkiego Towarzystwa Naukowego.
W ciągu całej swojej kariery naukowej Stanisław Popowski napisał 46 publikacji naukowych.
Życie prywatne Ojcem Stanisława Popowskiego był Michał Bolesław Popowski, matką zaś Anna z domu Ośmiałowska. Popowski miał starszego brata – Stanisława Bolesława Popowskiego, który również był lekarzem. Żoną Stanisława Popowskiego była Maria z domu Grabowska, z którą miał córkę Hannę. Popowscy w Warszawie mieszkali przy ul.