Wraz z Nadieżdą Stasową i Anną Engelhardt założyła pierwszą rosyjską spółdzielnię wydawniczą dla kobiet, w której Trubnikowa zajmowała się szeregiem rzeczy, w tym edytowaniem tekstów, księgowością i rekrutacją nowych członkiń. Przedsiemwzięciu przyświecała idea samopomocy; miało one umożliwiać usamodzielnienie się finansowe pracujących w niej kobiet. Spółdzielnia była zamknięta dla mężczyzn (mimo to w jej założeniu i rozwoju pomagał mąż Trubnikowej); wszelkie prace wydawnicze wykonywane były przez kobiety; zajmowały się one ilustrowaniem publikacji, tłumaczeniem, drukiem, szyciem książek i samodzielnie prowadziły sprzedaż. W czasie swojego działania od 1863 do 1879 roku spółdzielnia opublikowała czternaście książek.
Małżeństwo Trubnikowów rozpadło się w 1876 roku. Marija wyprowadziła się od męża wraz z czterema córkami pary i wyjechała za granicę. Po powrocie do Rosji, zmagająca się z problemami finansowymi, podupadająca na zdrowiu fizycznym i psychicznym Marija utrzymywała się z tłumaczeń i pisania artykułów do gazet.