Na 1468 przypada apogeum świetności opactwa, któremu w tym czasie podlega 65 kościołów. Wzrost znaczenia kościoła widoczny jest również w rozszerzaniu się terenu, które należało do parafii oraz w zmieniającej się tytulaturze przełożonego: archiprezbiter, przeor, a ostatecznie – w latach opat z przywilejem noszenia insygniów biskupichNiektóre źródła podają błędną informację o przyznaniu godności opactwa przez Grzegorza XV w 1628, co jest niemożliwe, gdyż ten papież zmarł w 1623.. Przywilej ten opaci zachowali do 1796, a później, na mocy specjalnego przywileju papieskiego, w latach 1934-1977.
W ciągu wieków do opactwa należały: opactwo św. Fabiana, klasztor św. Apolinarego w Serravalle i klasztor w Fagnano oraz dwa szpitale. Przez prawie 300 lat opactwo zarządzało bolońskim szpitalem S. Maria della Carità. Do niego również należał boloński kościół S. Apollinare in Porta Nuova, zburzony w 1256.
25 marca 1527, za rządów opata Ludovico Landrianiego, opactwo było świadkiem oblężenia przez landsknechtów Karola V zdążających do Rzymu. Według tradycji żołnierze odstąpili od oblężenia, przymuszeni nagłą śnieżycą i wezbranymi wodami potoku Ghiaia.