Twórcy instytucji deklarują zainteresowanie historią społeczną, uzupełnianiem, pozyskiwaniem i opracowywaniem świadectw oraz pamiątek nie tylko po działaczach ruchu LGBTQIAP+, ale także tzw. zwykłych osób, także spoza głównych ośrodków miejskich. Jako ważny element programu wskazuje się także badanie historii uchodźczej osób nieheteronormatywnych, szczególnie mieszkających w Polsce osób z Ukrainy, Białorusi, Bliskiego Wchodu, Afryki czy Azji Centralnej.
Władze Pierwszym Dyrektorem QueerMuzeum został Krzysztof Kliszczyński.
Muzeum powołało także współtworzącą tę placówkę Radę Programową, złożoną z osób profesjonalnie zajmujących się prowadzeniem instytucji kultury, w składzie: Szymon Adamczak, Wiktor Dynarski, Anna Dżabagina, Jakub Gawkowski, Adriana Kapała, Piotr Laskowski, Joanna Ostrowska, Magda Staroszczyk, Krzysztof Tomasik, Paweł Żukowski.
Działalność QueerMuzeum pełni rolę wystawienniczą i edukacyjną, a w jego przestrzeni zaplanowano odbywanie się ok. trzech wystaw czasowych rocznie, a także działalność kulturalną w formie spotkań, pokazów filmowych czy wydarzeń literackich. To także otwarte miejsce społeczne, reagujące na bieżące potrzeby społeczności LGBTQIA+.