W 1999 został wybrany deputowanym do Mażlisu (izby niższej parlamentu) z okręgu saryagaszskiego. 1 grudnia 1999 wybrano go na przewodniczącego Mażlisu. Przez wiele lat współpracował z prezydentem Kazachstanu Nursułtanem Nazarbajewem. Działał w partii Otan, stanowiącej polityczne zaplecze prezydenta. Na początku 2004 został jej wiceprzewodniczącym. Po wyborach parlamentarnych we wrześniu 2004 zerwał współpracę z Nazarbajewem, zarzucając mu manipulowanie wynikami wyborów. Od tego czasu działa w opozycji antyprezydenckiej i krytykuje autorytarne metody sprawowania władzy przez Nazarbajewa oraz rosnącą korupcję.
W listopadzie 2004 stanął na czele Rady Koordynacyjnej Demokratycznych Sił Kazachstanu zrzeszających część ugrupowań opozycyjnych. W marcu 2005 został wybrany przewodniczącym Ruchu na rzecz Sprawiedliwego Kazachstanu. Był najpoważniejszym spośród kandydatów opozycyjnych w wyborach prezydenckich, które odbyły się 4 grudnia 2005. Z uwagi na dużą popularność, jaką cieszy się Nazarbajew oraz na możliwość dokonywania fałszerstw wyborczych jego szanse na zwycięstwo były praktycznie żadne. Ostatecznie udało mu się uzyskać 6,6% głosów.