W 1995 roku dołączył do BAA PLC jako dyrektor niewykonawczy, a od 2002 do 2006 roku pełnił funkcję jej prezesa.
Zarząd Barclays i przewodniczący (2006-2012) W dniu 1 września 2006 r. Agius dołączył do zarządu Barclays jako dyrektor niewykonawczy i zastąpił Matthew Barretta na stanowisku przewodniczącego od 1 stycznia 2007 r. Jego ostatnio zgłoszona pensja wynosiła 750 000 funtówBBC Board Bio – Marcus Agius..
W dniu 2 lipca 2012 r. ogłoszono, że Agius zrezygnuje ze stanowiska z powodu kar nałożonych na niektórych pracowników Barclays za manipulację LIBOR Forbes. Zarchiwizowane z oryginału w dniu 8 czerwca 2009 r. Źródło 7 sierpnia 2009 r.„Prezes banku Barclays Marcus Agius do dymisji”. Wiadomości BBC. 2 lipca 2012. Źródło 2 lipca 2012.. W listopadzie 2012 roku poinformowano, że może zostać zatrudniony jako konsultant„Libor scandal: Who might have lost?”. BBC News. 28 czerwca 2012. Źródło 2 lipca 2012..